O enredo de Origens começa com a morte do Dr. Teles, dono do decadente Hotel da Penha Longa, que o inescrupuloso Morato (Varela Silva) pretende adquirir dos herdeiros do falecido a todo o custo. Para tal, Morato chantageia Francisco (Curado Ribeiro), filho do Dr. Teles, ameaçando acionar todos os meios legais para reaver o dinheiro que lhe emprestou. No entanto, não basta a anuência de Francisco para que os seus objetivos sejam alcançados. Sara (Helena Isabel), neta do defunto, encontra-se nos Estados Unidos e a procuração que deu ao seu advogado, Duarte (Rui Mendes), não lhe permite dispor do património. Assim, após vários apelos por parte de Duarte, Sara vem até Portugal, em princípio apenas para tratar rapidamente das questões burocráticas relacionadas com a herança. Ao contrário do que previa, porém, acaba por ficar, por perceber que está a ser vigarizada por Morato e Francisco, no que diz respeito ao preço real da transação, e também porque começa a sentir alguma identificação com o património da família. Após se apresentar como uma possível compradora do hotel, revela a sua verdadeira identidade, o que dá origem a vários constrangimentos e à ira de Morato, que sente ter perdido o controlo sobre a transação que já julgava certa.
Outra das tramas de Origens é centrada no romance do professor de música Gaspar (Ruy de Carvalho) com a violoncelista Ofélia (Mariana Rey Monteiro), uma senhora de meia-idade que é apaixonada pela sua profissão, mas cuja irmã, Julieta (Glória de Matos), lhe ocupa grande parte do tempo, por se encontrar acamada. Todavia, Julieta movimenta-se perfeitamente, e ao contrário do que pretende mostrar, é tão saudável como Ofélia. Como não tem nenhuma ocupação, diverte-se a aterrorizá-la, acusando-a de andar com homens e espalhando pela vizinhança que é vítima de maus-tratos.
Origens conta também a história de Filipa (Marta Esquível), uma jovem que frequenta ambientes de risco. O seu comportamento é constante preocupação da mãe, Teresa (Lia Gama), que acusa o ex-marido, o arquiteto Luís (Nicolau Breyner), de se desligar completamente dos problemas da filha. Na verdade, um dos amigos de Filipa é o toxicodependente Nando (António Feio), que do início ao fim da novela luta contra o vício das drogas.
Com o desenrolar da trama, ficamos a saber que, para além de Francisco e Sara, o Dr. Teles deixou um outro herdeiro cuja identidade e paradeiro se desconhecem. É então que factos muito estranhos se sucedem no Hotel Penha Longa, acontecimentos que culminam com o assassinato de Esmeralda (Maria Helena Matos), uma das suas funcionárias mais antigas.
Entretanto, Júlia (Florbela Queiroz), mulher de Francisco, tem um relacionamento amoroso com Morato, sem que o marido aparentemente dê por isso. À medida que o tempo passa, Morato revela ser um homem extremamente perigoso, ligado ao tráfico de droga. Porém, ele não é o cabecilha da organização que move milhões, mas apenas um instrumento nas mãos do verdadeiro mentor de todo o negócio, que desde o início o instruiu a comprar o Hotel Penha Longa, e cuja identidade é um dos principais mistérios da telenovela.
E enquanto Sara descobre ser filha de Luís, que teve em tempos um romance com a falecida filha do Dr. Teles, Julieta acaba por confessar o seu amor recalcado por Gaspar, admitindo que se fez de doente durante trinta anos para que a irmã nunca se casasse.
Ao fim de vários meses, Morato consegue finalmente, por parte de Francisco, o pagamento da dívida e dos respetivos juros, mas, antes de fugir para o estrangeiro, é abordado por Cassilda (Rosa Lobato de Faria), sua secretária e esposa, que se faz acompanhar por vários elementos da organização criminosa, que o espancam até lhe extorquirem o dinheiro todo.
Sentindo-se pressionado, Morato contacta com Júlia, que se encontrava escondida já há alguns dias. Os dois combinam fugirem juntos, principalmente porque tudo aponta para que sejam as próximas vítimas do cabecilha da organização.
Nos últimos capítulos de Origens, as revelações sucedem-se uma após outra e, se é surpreendente saber que o herdeiro do Dr. Teles é nada mais nada menos que Gaspar, não é menos espantoso descobrir que Francisco sempre foi o chefe da organização criminosa, que utilizava a propriedade do seu falecido pai para armazenar droga, e que a compra do hotel não passou de uma farsa para despistar. Júlia, ao constatar ter sido durante tanto tempo manipulada pelo marido, dispara sobre ele, matando-o imediatamente. Quando se preparava para partir com Morato, aparece a polícia, que os prende aos dois.
Desvendados todos os mistérios, Gaspar e Ofélia ficam livres um para o outro e casam-se numa cerimónia religiosa bastante aparatosa. Muito feliz, Julieta acompanha-os, mostrando que se encontra totalmente recuperada do seu antigo estado de perturbação.
